Nusikalstamumo prevencijos Lietuvoje centras buvo įsteigtas 1997 metų liepos 17 dieną.

Centro steigimą inicijavo Jungtinių Tautų vystymo programos atstovybė Lietuvoje. Centro steigėjai:

Nacionalinė ACQUIS priėmimo programa, patvirtinta Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1998 m. lapkričio 10 d. nutarimu Nr. 1305, Nusikalstamumo prevencijos Lietuvoje centrui pavedė nusikaltimų prevencijos tarybos funkcijas: teikti valstybės institucijoms išvadas dėl nusikalstamumo mažinimo priemonių, formuoti nusikalstamumo prevencijos politiką ir nagrinėti nusikalstamumo priežastis. Nusikalstamumo prevencijos Lietuvoje centro vaidmuo Lietuvos baudžiamosios justicijos sistemoje buvo įtvirtintas svarbiausiuose teisinės reformos dokumentuose. Lietuvos Respublikos Seimo patvirtinti 1998 m. birželio 25 d. patvirtinti Teisinės sistemos reformos metmenys, Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1997 m. gruodžio 3 d. patvirtinti Lietuvos policijos reformos metmenys Nusikalstamumo prevencijos Lietuvoje centrui patikėjo valstybės, nevyriausybines, mokslo institucijas bei privačias iniciatyvas, formuoti moksliškai pagrįstą nusikalstamumo prevencijos, jo priežasčių bei sąlygų šalinimo politiką, sukurti ir įgyvendinti veiksmingą nusikalstamumo prevencijos Lietuvoje sistemą. Lietuvos Respublikos Vyriausybė taip pat yra pripažinusi tarptautinį Nusikalstamumo prevencijos Lietuvoje centro vaidmenį, Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1998 m. lapkričio 19 d. nutarimu Nr. 1347 Centrui pavesta koordinuoti Lietuvos Respublikos Vyriausybės bendradarbiavimą su Jungtinių Tautų nusikaltimų prevencijos ir baudžiamosios justicijos komisija Vienoje.